Malherbe s'attacha à réunir des manuscrits couvrant tous les genres abordés par Mozart, et de toutes les périodes de la vie du compositeur. L'œuvre la plus ancienne n’est d'ailleurs pas autographe puisque cet Allegro de la sonate pour violon et clavecin en si bémol majeur K. 8 (MS-238), composé à Paris en 1763, a été copié par Leopold Mozart dans un cahier destiné à sa fille Nannerl, dont ces deux feuillets ont été détachés.
L’œuvre lyrique est notamment représentée par une version primitive de Mitridate, opéra composé et créé à Milan en 1770, dont il s’agit là des seules pages autographes, annotées par Leopold (MS-244). Malherbe acquit également plusieurs airs de concert de Mozart.
La musique religieuse n’est illustrée que par les Vesperae de Dominica, K. 321, composées à Salzbourg en 1779 (MS-217). Le manuscrit parvint entre les mains de Malherbe grâce au libraire Stargardt.
La musique instrumentale reste le genre le plus présent dans la collection Malherbe. Danses pour orchestre, musique de chambre, concertos, extraits et fragments de symphonie et de sonates en constituent plus de la moitié.
Les acquisitions réalisées par Charles Malherbe se faisaient au fil des ventes ou directement auprès des libraires, chez lesquels de nombreux manuscrits incomplets ou inachevés côtoyaient des sources complètes. De ce fait, la collection Malherbe comporte aujourd'hui de nombreux extraits, fragments et esquisses d'œuvres, ainsi que des œuvres inachevées. Parmi les manuscrits conservés intégralement (manuscrits complets) se trouvent cinq œuvres majeures de Mozart :
- Les Vesperae de Dominica, K. 321 (1779), MS-217
- Le quatuor pour cordes et hautbois K. 368b (1781), MS-230
- Le quintette pour piano et vents K. 452 (1784), MS-221
- Le concerto pour piano en la majeur, K. 488 (1786), MS-226
- Le trio pour clarinette, alto et piano K. 498 (1786), MS-222
La sonate pour piano et violon en ut majeur K. 385c est l’une des pièces inachevées de la collection (MS-225) : il s'agit d’une œuvre dédiée par Mozart à sa jeune épouse Constanze, composée pendant l’été 1782 peu de temps après leur mariage. Parmi les fragments, citons celui des variations pour piano sur La belle Françoise, K. 300f, dont l’autre partie du feuillet se trouve dans une collection privée (MS-218).
La collection Malherbe contient aussi plusieurs manuscrits pris autrefois pour des autographes, pour lesquels les recherches récentes ont réfuté l’authentification. C’est le cas de l’aria Mia speranza adorata K. 416, dont on a longtemps cru que les dernières pages étaient autographes (MS-261).
Malherbe acquit également une copie par Mozart d’un chœur de Michael Haydn (1737-1806), frère de Joseph Haydn (1732-1809), et confrère de Leopold et de Wolfgang à la cour du prince-archevêque de Salzbourg (MS-258). Mozart admirait particulièrement ce musicien timide et discret qui fuyait les éloges et le public.
Il faut enfin signaler au sein de cette collection unique le catalogue des œuvres de Mozart enfant, de ses débuts de compositeur en 1763 jusqu’en 1768, élaboré par son père Leopold (MS-263) . On y remarque les deux premières éditions du tout jeune compositeur gravées à Paris en 1764.
