Dès le Moyen Âge, des établissements de charité sont créés à Paris sous le nom d’hospices, dans le but d’accueillir pauvres et malades. L’Hôtel-Dieu, le plus ancien de ces établissements, est fondé au VIIe siècle. Puis les créations d’hospices s’échelonnent jusqu’à la fin du XVIIIe siècle, fondations religieuses (surtout aux XVIIe et XVIIIe siècles) mais aussi de particuliers : Cochin en 1782, Beaujon en 1784, Necker en 1778.

À la veille de la Révolution, la situation des établissements hospitaliers parisiens est disparate : il existe une très grande diversité dans les régimes juridiques, les modes de financement, les situations matérielles, ou encore les conditions d'accueil. Vers 1794, les institutions sont frappées par une crise liée à la nationalisation du patrimoine hospitalier, qui les prive brusquement d'une grande partie de leurs ressources. En 1796, leur gestion est confiée à l’autorité communale.

Un recrutement médical de qualité se met en place au XIXe siècle, avec la création du concours de l’internat et de l’externat. Les hôpitaux parisiens prennent une part active à l'enseignement médical, notamment par le biais des cliniques qui spécialisent peu à peu les institutions. L'arrêté du 27 novembre 1801 classifie les hôpitaux de Paris en fonction de leur destination : hôpitaux généraux qui traitent les affections ordinaires (Hôtel-Dieu, La Charité, Cochin, Necker, Beaujon, Saint-Antoine) et hôpitaux spéciaux rassemblant l'hôpital des vénériens (futur Ricord), la Maternité, Saint-Louis (dermatologie), et l'hôpital des Enfants-Malades (pour les moins de quinze ans). Les hospices de Bicêtre (hommes) et La Salpêtrière (femmes) accueillent malades chroniques, infirmes et vieillards. Durant tout le XIXe siècle, les établissements sont réaménagés pour augmenter leur capacité d'accueil et améliorer les conditions matérielles d'hospitalisation. Cette modernisation se poursuit au XXe siècle et de nouveaux hôpitaux sont également créés.