Relations avec le Japon de Meiji

Le capitaine de frégate et futur amiral Charles Layrle, qui a servi au Japon comme chef d’état-major de l’amiral Jaurès de 1863 à 1865, considère dès janvier 1868 qu’il est nécessaire de garder un objectif purement commercial au milieu des bouleversements politiques (Le Japon en 1867, Revue des deux mondes, janv.-fév. 1868) .

Un décret de l’empereur Meiji contraint la mission militaire française à quitter le Japon. Cependant, Jules Brunet, fidèle à ses engagements et refusant d'abandonner ceux qu'il a formés, choisit de déserter l'armée française pour organiser la résistance des derniers fidèles au shôgun. Deux officiers français, Eugène Collache et Henri de Nical, le rejoignent à Hakodate (île d’Ezo, bientôt appelée Hokkaidô) où il fonde une éphémère République (Une aventure au Japon, 1868-1869, Le Tour du monde, juillet 1874).

Après un séjour aux Etats-Unis puis en Angleterre, la mission arrive en France à la fin de l'année 1872 où elle est accueillie par le président Thiers lors d'une réception officielle au Palais de l'Elysée (Le Monde illustré, janvier 1873).
Même si cette mission manque son objectif politique - la demande de révision étant considérée comme prématurée -, elle reste une remarquable mission d'observation. Le ministre de la Guerre autorise l'ambassade à visiter des établissements militaires (J. Chanoine, Documents pour servir à l'histoire des relations…). L’ambassade passe également par les grands établissements scientifiques nationaux, comme la Bibliothèque Nationale, le Conservatoire des Arts et des Sciences, l'Hôtel de la Monnaie, l'Ecole des Ponts et Chaussées ou l'Ecole des Mines. Les usines et les ateliers sont aussi l’objet d’étude de la part de ces visiteurs qui "ont pris un grand nombre de notes et ont montré l’esprit observateur qui est une des marques distinctives de la race japonaise" (Revue des deux mondes, 1873).

Chanoine explique plus largement ce choix comme une "preuve chevaleresque de confiance dans l'armée [française] qui avait fourni à l'armée japonaise ses premières instructions" et également comme "une marque d'amitié" du gouvernement japonais (Documents pour servir à l'histoire…).
A la demande du Japon, une deuxième mission militaire est envoyée en 1872, sous les ordres du lieutenant-colonel Antoine Marquerie, secondé entre autres par le capitaine d'artillerie Georges Lebon (Souvenirs d'une ambassade extraordinaire au Japon, 1913, en cours de numérisation ; J. Chanoine, Documents pour servir à l'histoire des relations…).
Marquerie réorganise le ministère de l'armée de terre  sur le modèle français : la première loi de conscription au Japon, traduite par Bousquet, entre en vigueur dès janvier 1873. En 1875 est inaugurée l'école militaire d'Ichigaya (Tôkyô) qui fournit la majeure partie des cadres avec lesquels l'armée japonaise entreprendra la guerre sino-japonaise (1894-1895) et la guerre russo-japonaise (1904-1905). La presse française relate le prestige et le mérite de cette mission (Le Monde illustré, 1er février 1873). En 1874, c'est au tour du Journal illustré, 24/10/1874 de vanter les mérites de cette mission à l'occasion du passage en revue des troupes par l'Empereur. "Si les manœuvres exécutées en présence de S. M. le Mikado peuvent être considérées comme un aperçu des connaissances des troupes militaires japonaises, le gouvernement à tout lieu d'être satisfait d'avoir remis la direction de leur instruction à la mission militaire française qui leur a fait faire de rapides progrès dans l'art de la guerre".
La troisième mission militaire française (1884) arrive au Japon le 17 décembre 1884, quatre ans après la fin de la mission précédente. Elle est dirigée par le capitaine d'infanterie Henri Berthaut et son effectif n'est que de cinq personnes. À cette époque, l'influence allemande a supplanté l'influence française dans l'esprit des dirigeants japonais et les Allemands deviennent les conseillers militaires privilégiés du gouvernment japonais. Les membres de cette mission française publieront à leur retour des ouvrages où la société japonaise se trouve décrite avec précision : Etienne de Villaret (Dai nippon, 1889) et Joseph Dautremer (ses ouvrages), interprète de la légation.