Le département de la Musique conserve plus de 300 manuscrits de Joseph Haydn (1732-1809) copiés entre la fin du XVIIIe et le début du XXe siècles. Sur cet ensemble conséquent, 25 manuscrits sont des autographes du compositeur dont la plus grande partie provient de l’ancien fonds de la bibliothèque du Conservatoire de musique de Paris. Comme de nombreux manuscrits autographes des grands compositeurs autrichiens et allemands du département de la Musique, ceux de Haydn sont en partie issus de la précieuse collection réunie entre les années 1880 et 1910 par Charles Malherbe (1853-1911)  musicologue et bibliothécaire de l’Opéra de Paris, collection entrée par legs à la bibliothèque du Conservatoire. Passionné par les autographes musicaux, Malherbe avait en effet acquis divers fragments et esquisses de Haydn, mais peu de partitions complètes, déjà difficiles à trouver à la fin du XIXe siècle.

Parmi les manuscrits complets, il faut remarquer celui de la symphonie L’ours (Hob. I 82) ayant appartenu au comte d’Ogny, commanditaire des symphonies « parisiennes » de Haydn en 1785 et fondateur du Concert de la Loge Olympique. Par ailleurs, plusieurs manuscrits ont pu être découverts et acquis par la bibliothèque du Conservatoire grâce à la pugnacité de son bibliothécaire Jean-Baptiste Weckerlin (1821-1910), durant les dernières décennies du XIXe siècle. Le plus remarquable demeure celui du dramma giocoso La vera costanza (version révisée de 1785), en partie autographe, retrouvé dans le fonds du Théâtre Italien à Paris et acheté parmi d’autres manuscrits lors de la vente de ce fonds musical. Enfin, issues des collections de la Bibliothèque nationale, trois partitions des symphonies parisiennes commandées par le comte d’Ogny ont appartenu par la suite au célèbre disciple de Haydn, Sigismund Neukomm (1778-1858), puis elles semblent avoir rejoint la Bibliothèque sous le Second Empire puisqu’elles portent le cachet « Bibliothèque Impériale » (Par exemple les symphonies Hob. I 83 en sol mineur, Hob. I 86 en ré majeur  et Hob. I 87 en la majeur).

Il faut également signaler une vingtaine de manuscrits autographes du compositeur Michael Haydn (1837-1806), frère de Joseph. Ceux-ci  proviennent soit de Charles Malherbe, soit d’achats effectués par Jean-Baptiste Weckerlin, notamment auprès du neveu de Sigismund Neukomm qui conservait de nombreuses pièces précieuses rassemblées par son oncle, élève des deux compositeurs à Salzbourg et à Vienne (comme la cantate Ninfe in belli semplicete).