Missionnaire et petits [pahoriery] au Gabon, photographie du début du XXe siècle, provenant d'Eugène Gallois. Société de géographie L'Eglise en Afrique

L'Afrique et le christianisme des origines
L'Afrique du nord a été christianisée en même temps que le reste de l’empire romain. Au IIIe siècle, l’ouest du Maghreb est une des régions du monde où les chrétiens sont le plus nombreux, alors qu'après la conquête arabe du VIIe siècle, l'Islam y devient le monothéïsme dominant. Ne demeurent en Afrique que deux communautés chrétiennes importantes, autonomes vis à vis de Rome, en Egypte et surtout en Ethiopie, où le renouveau de l'Etat aux XIIIe et XIVe, puis ses relations avec l’Occident profitent à l’église copte qui lui est étroitement associée. Les éléments du mythe du royaume du Prêtre Jean sont en place.

L’Occident et l’islam
De jure, le pape a la charge de toutes les âmes et peut envoyer des prédicateurs partout mais concrètement, jusqu’au XIIe siècle, la papauté laisse aux églises orientales le soin de convertir les musulmans. Le voyage de Saint François d’Assise à Bougie en 1219 et la croisade de Saint Louis à Tunis marquent le début d’une nouvelle offensive de la chrétienté occidentale contre l’Islam. Les invasions ottomanes du XIVe siècle multiplient les saints martyrs alors que certains ordres religieux se spécialisent dans le rachat des captifs aux barbaresques.

L’invention de l’Afrique païenne
Les premières explorations montrent que l’Afrique n’est pas peuplée que de Musulmans. En 1508, la bulle Universalis Ecclesiam du pape Jules II oblige l’Espagne et le Portugal à envoyer des missions dans les territoires nouvellement découverts. Si les églises fondées par les Portugais sont de relatifs échecs, certains ordres religieux comme les capucins sont cependant solidement implantés dès le XVIIe siècle dans les comptoirs africains. Quelques missionnaires protestants, essentiellement les frères moraves, essaient de leur faire concurrence. Pour satisfaire les besoins spirituels des colons des îles sucrières, l’Eglise charge certains ordres - les Lazaristes au XVIIIe à l’Île Bourbon - de desservir des paroisses et d’y superviser l’enseignement.

XIXe siècle : Un nouvel élan missionnaire
Autour de 1800, dans l’Europe catholique, l’opinion s’enflamme pour le romantisme missionnaire, à la lecture de Chateaubriand. La réorganisation de la congrégation de la propagande en 1817, après sa dissolution par Napoléon, fournit un cadre aux missions tandis que de nombreuses oeuvres sous influence pontificale se créent localement pour leur donner des moyens matériels, des publications rendent compte de leur action et collectent des fonds. Au XIXe siècle, les deux-tiers des missionnaires catholiques sont français. Les églises protestantes organisent aussi leur action outremer, de la création en 1792 de la Baptist Missionary Society jusqu’à celle en 1822 de la Société des Missions Evangéliques.
En 1868, Lavigerie fonde la congrégation de Notre-Dame d’Afrique, dont les missionnaires, les pères blancs, assurent plus une présence de prière et de charité que d’évangélisation dans un Maghreb qui reste majoritairement musulman et où l’Eglise ne leur donne comme charge que l’âme des colons. Leur action missionnaire se dirige vers l’Afrique noire.
Les différentes églises s'implantent sur le continent africain d'abord dans les "vieux" comptoirs de la Côte des esclaves, puis progressent à l'intérieur des terres en accompagnant la progression européenne. Les conditions sanitaires avant l'utilisation de la quinine laissent une espérance de vie de trois ans aux missionnaires, et le nombre de convertis au XIXe siècle reste très faible, malgré l'implication des églises dans l'éducation et la lutte contre l'esclavage. Certains hommes d'églises comme Livingstone ou Charles de Foucauld se transforment en explorateurs, d'autres offrent à l'Europe des descriptions souvent pessimistes des populations africaines ou font oeuvre de linguistes. L'animisme reste majoritaire en Afrique, et ce n'est qu'après 1945 et l'émergence de clergé locaux que le christianisme ne se développe vraiment.