Si au début de l'Occupation la lutte armée ne fait pas partie des actions prioritaires des mouvements de la Résistance, elle s'impose dès les premiers mois de l'année 1941, et pousse les mouvements à créer des structures de combat. Henri Frenay, l'un des fondateurs de Combat, crée au printemps 1942 une première Armée secrète en restructurant les formations paramilitaires de Combat. Jean Moulin a reçu comme mission de De Gaulle de constituer une Armée secrète unique, fédérant toutes les formations paramilitaires de la zone Sud. Malgré les dissensions sur le nom du futur chef de l'Armée secrète unifiée, c'est chose faite à l'été 1942. Sur nomination du général de Gaulle, le général Delestraint prend le commandement de l'Armée secrète en octobre 1942. En organisant les groupes paramilitaires en commandements régionaux et départementaux unifiés, le général Delestraint réussit ce que le général de Gaulle et les Alliés souhaitaient : séparer, au sein de la Résistance, les secteurs politiques et militaires, et rattacher les activités militaires à Londres.
Le Service du travail obligatoire et l'apparition des maquis changent la donne : Henri Frenay, commissaire aux affaires militaires du comité directeur des Mouvements unis de la Résistance (MUR), reproche à Moulin et Delestraint leur volonté de préserver une stricte séparation entre activités militaires et activités politiques, et crée le service Maquis, structure indépendante de l'Armée secrète. De Gaulle lui-même instruit Delestraint de laisser l'initiative d'actions armées aux mouvements et organisations locales. Les arrestations de Delestraint le 9 juin 1943, puis de Moulin le 21 juin, précipitent le rattachement de l'AS au comité directeur des MUR, qui nomme lui-même Dejussieu en remplacement de Delestraint. La constitution de l'AS en zone nord, très en retard sur celle de la zone sud, prend réellement forme à l'automne 1943. En février 1944, l'AS de France est unifiée, puis rattachée aux Forces françaises de l'intérieur (FFI).

Pour en savoir plus, vous pouvez consulter la notice "Armée secrète" rédigée par François Marcot dans le Dictionnaire historique de la Résistance.