Le succès de la contribution française à la modernisation du Japon encourage Léon Roches à persévérer dans son soutien au shôgun Tokugawa Yoshinobu. Cependant, en novembre 1867, ce dernier choisit de rendre son titre et ses pouvoirs à l’empereur après la défaite infligée à ses troupes par les partisans de la restauration d'un gouvernement impérial. Comptant parmi les derniers fidèles au shôgun, quelques officiers français organisent la résistance et fondent l’éphémère République de Hakodate, sur l’île d’Ezo, renommée Hokkaidô en 1869, au nord du Japon. Forcée de quitter le Japon, la première mission militaire sera suivie de deux autres en 1872 et 1884.

La République de Hakodate (oct. 1868 - juin 1869)

En novembre 1867, le dernier shôgun Tokugawa Yoshinobu militairement défait par les partisans d’une restauration impériale, doit renoncer à sa fonction et rendre le pouvoir à l’empereur. Léon Roches est rappelé à Paris au début de l’année 1868. Les militaires français sur place relatent les événements politiques dans la presse française.

L'ambassade Iwakura (1871-1873)

L'ambassade Iwakura - du nom du chef de la mission, Iwakura Tomomi (biographie, 1885) - est envoyée aux Etats-Unis et en Europe avec un double objectif : obtenir la révision des "traités inégaux" et s’informer des moyens à mettre en œuvre pour moderniser le Japon (J. Chanoine, Documents pour servir à l'histoire des relations

Seconde (1872-1880) et troisième mission (1884-1889)

La défaite française de 1870 contre la Prusse ne dissuade pas le jeune gouvernement de Meiji de se tourner à nouveau vers la France pour la modernisation de son armée. En 1870, un incident cocasse dans la baie de Yokohama, qui met à mal l’image de la marine allemande, joue sans doute en faveur de la France (P. de Lapeyrère, Le Japon militaire, 1883).